Медицинский университет – Варна был основан в 1961 году в городе Варна. Изначально он считался высшим медицинским институтом и только в 1995 году был переименован в Медицинский университет-Варна по решению Национального собрания. В 2002 году он был назван в честь профессора. Доктор Параскев Стоянов заложил основы Первой болгарской школы хирургии, а также Детского морского санатория для лечения туберкулёза костей и суставов, который был единственным в своём роде на Балканском полуострове.

Медицинский университет в Варне является одним из первых участников Сети университетов Черноморского региона (BSUN). В 2004 году в Нидерландах университет был утверждён как полноправный член Европейской ассоциации университетов (EUA). Медицинский университет — единственный в Болгарии, который в 2008 году внедрил модель Европейского фонда управления качеством (EFQM). MU-Varna поддерживает партнёрские отношения с более чем 80 университетами и образовательными учреждениями из 40 стран на 5 континентах. С 2001 по 2007 год MU – Варна организовывал обмен студентами и преподавателями в рамках программы «Сократ-Эразм». С 2010 года на клинических базах МУ – Варна осуществляется обмен студентами на летние практики с Первым Московским государственным медицинским университетом имени И. М. Сеченова и Северо-Западным государственным медицинским университетом «И. И. Мечников» в Санкт-Петербурге.

Медицинский университет – Варна — один из первых университетов Европы, привлекающий большое количество иностранных студентов. С момента основания университета окончили более 8 351 болгарский студент и 977 иностранных студентов из 45 разных стран. С развитием на протяжении многих лет Медицинский университет – Варна поддерживает четыре больницы, основанные в 70-х и 80-х годах: Университетская больница «Святая Марина» — крупнейшая диагностическая и консультативная больница региона; Университетская больница «Святая Анна»; Специализированная больница активного лечения акушерства и гинекологии; Специализированная больница для активного лечения заболеваний глаз.

Университет готовит специалистов в областях медицины и здравоохранения, стоматологии и фармации для получения степеней бакалавра, магистра и профессионального бакалавра. Дипломы, выдаваемые университетом, признаются во всех странах Европейского союза. Университет имеет филиалы в городах Шумен, Сливен и Велико-Тырново.