Die Medizinische Universität – Varna wurde 1961 in der Stadt Warna gegründet. Es galt zunächst als Höhere Medizinische Einrichtung und wurde erst 1995 auf Beschluss der Nationalversammlung in Medizinische Universität Varna umbenannt. Im Jahr 2002 wurde sie nach Prof. Dr. Paraskev Stoyanov, der die Grundlagen für die Erste Bulgarische Chirurgische Schule sowie ein Kinder-Seesanatorium für Knochen- und Gelenktuberkulose legte, das das einzige seiner Art auf der Balkanhalbinsel war.

Die Medizinische Universität Varna ist eines der ersten Mitglieder des Black Sea Universities Network (BSUN). Im Jahr 2004 wurde die Universität in den Niederlanden als Vollmitglied der European University Association (EUA) anerkannt. Die Medizinische Universität ist die einzige in Bulgarien, die 2008 ein Modell der Europäischen Stiftung für Qualitätsmanagement (EFQM) eingeführt hat. MU-Varna unterhält Partnerschaften mit über 80 Universitäten und Bildungseinrichtungen aus 40 Ländern auf 5 Kontinenten. Von 2001 bis 2007 organisierte MU – Varna den Austausch von Studierenden und Dozenten im Rahmen des „Socrates-Erasmus“-Programms. Seit 2010 gibt es in den klinischen Basen der MU – Warna einen Studentenaustausch für Sommerpraktiken mit der Ersten Moskauer Staatlichen Medizinischen Universität „I. M. Sechenov“ und der Nordwestlichen Staatlichen Medizinischen Universität „I. I. Mechnikov“ in Sankt Petersburg.

Medizinische Universität – Varna gehört zu den ersten Universitäten Europas und zieht eine große Zahl internationaler Studierender an. Seit der Gründung haben mehr als 8.351 bulgarische Studierende und 977 ausländische Studierende aus 45 verschiedenen Ländern ihren Abschluss gemacht. Im Laufe der Jahre unterhält die Medizinische Universität – Varna vier Krankenhäuser, die in den 70er und 80er Jahren gegründet wurden: das Universitätskrankenhaus „St. Marina“ – das größte diagnostische und beratende Krankenhaus der Region; Universitätsklinik „St. Anna“; Spezialisiertes Krankenhaus für aktive Behandlung in Geburtshilfe und Gynäkologie; Spezialisiertes Krankenhaus zur aktiven Behandlung von Augenerkrankungen.

Die Universität bereitet Spezialisten in den Bereichen Medizin und Gesundheitswesen, Zahnmedizin und Pharmazie auf den Erwerb von Bachelor-, Master- und Berufsabschlüssen vor. Die von der Universität vergebenen Diplome werden in allen Ländern der Europäischen Union anerkannt. Die Universität hat Filialen in den Städten Shumen, Sliven und VelikoTarnovo.