Die Medizinische Universität Varna wurde 1961 in der Stadt Varna gegründet. Ursprünglich galt es als Medizinisches Hochschulinstitut und wurde erst 1995 auf Beschluss der Nationalversammlung in Medizinische Universität Varna umbenannt. Im Jahr 2002 wurde es nach Prof. Dr. Paraskev Stoyanov, der den Grundstein für die erste bulgarische Schule für Chirurgie legte, sowie auf das Kindermeersanatorium für Tuberkulose von Knochen und Gelenken, das einzige seiner Art auf der Balkanhalbinsel.

Die Medizinische Universität Varna ist eines der ersten Mitglieder des Netzwerks der Schwarzmeeruniversitäten (BSUN). Im Jahr 2004 wird die Universität in den Niederlanden als Vollmitglied der European University Association (EUA) anerkannt. Die Medizinische Universität ist die einzige in Bulgarien, die 2008 ein Modell der Europäischen Stiftung für Qualitätsmanagement (EFQM) eingeführt hat. MU-Varna unterhält Partnerschaften mit über 80 Universitäten und Bildungseinrichtungen aus 40 Ländern auf 5 Kontinenten. Von 2001 bis 2007 organisierte die MU Varna den Austausch von Studenten und Dozenten im Rahmen des Programms „Sokrates-Erasmus“. Seit 2010 gibt es in den Kliniken der MU – Varna einen Studentenaustausch für Sommerpraktika mit der Ersten Moskauer Staatlichen Medizinischen Universität „I. M. Sechenov“ und der Nordwestlichen Staatlichen Medizinischen Universität „I. I. Metschnikow“ in Sankt Petersburg.

Die Medizinische Universität Varna gehört zu den ersten Universitäten in Europa und zieht eine große Anzahl internationaler Studenten an. Mehr als 8 351 bulgarische und 977 ausländische Studenten aus 45 verschiedenen Ländern haben seit ihrer Gründung ihren Abschluss gemacht. Im Laufe der Jahre unterhält die Medizinische Universität Varna vier Krankenhäuser, die in den 70er und 80er Jahren gegründet wurden: das Universitätskrankenhaus „St. Marina“ – das größte diagnostische und beratende Krankenhaus in der Region; Universitätsklinikum „St.Anna“; Fachklinik für aktive Behandlung in der Geburtshilfe und Gynäkologie; Spezialisiertes Krankenhaus für die aktive Behandlung von Augenkrankheiten.

Die Universität bereitet Fachärzte in den Bereichen Medizin und Gesundheitswesen, Zahnmedizin und Pharmazie auf den Erwerb von Bachelor-, Master- und Berufsbachelor-Abschlüssen vor. Die von der Universität ausgestellten Diplome werden in allen Ländern der Europäischen Union anerkannt. Die Universität hat Niederlassungen in den Städten Shumen, Sliven und VelikoTarnovo.