Медицинский университет – Варна был основан в 1961 году в городе Варна. Первоначально он рассматривался как Высший медицинский институт и только в 1995 году решением Национального собрания был переименован в Медицинский университет в Варне. В 2002 году ему было присвоено имя проф. Доктор Параскев Стоянов, который заложил основы Первой болгарской школы хирургии, а также Детского морского санатория для лечения туберкулеза костей и суставов, который был единственным в своем роде на Балканском полуострове.

Медицинский университет в Варне является одним из первых членов Сети Черноморских Университетов (BSUN). В 2004 году в Нидерландах университет утвержден в качестве полноправного члена Европейской ассоциации университетов (EUA). Медицинский университет является единственным в Болгарии, который в 2008 году внедрил модель Европейского фонда управления качеством (EFQM). MU-Varna поддерживает партнерские отношения с более чем 80 университетами и учебными заведениями из 40 стран на 5 континентах. С 2001 по 2007 гг. МУ – Варна организовывал обмен студентами и преподавателями по программе «Сократ-Эразмус». С 2010 года на клинических базах МУ – Варна осуществляется обмен студентами для прохождения летних практик с Первым Московским государственным медицинским университетом им. И.М. Сеченова и Северо-Западным государственным медицинским университетом «И.М. Сеченов». И. Мечников» в Санкт-Петербурге.

Медицинский университет – Варна является одним из первых университетов в Европе, привлекая большое количество иностранных студентов. С момента его основания его окончили более 8 351 болгарских студентов и 977 иностранных студентов из 45 разных стран. Развиваясь на протяжении многих лет, Медицинский университет – Варна имеет четыре больницы, основанные в 70-х и 80-х годах: Университетская больница «Святая Марина» — крупнейшая диагностическая и консультативная больница в регионе; Университетская больница «Святая Анна»; Специализированная больница активного лечения в акушерстве и гинекологии; Специализированная больница для активного лечения глазных заболеваний.

Университет готовит специалистов в области медицины и здравоохранения, стоматологии и фармации для получения степени бакалавра, магистра, профессионального бакалавра. Дипломы, выдаваемые университетом, признаются во всех странах Европейского Союза. Университет имеет филиалы в городах Шумен, Сливен и ВеликоТырново.