Medical University – Varna grundades 1961 i staden Varna. Det betraktades ursprungligen som ett högre medicinskt institut och först 1995 döptes det om till Medical University-Varna efter ett beslut av nationalförsamlingen. År 2002 fick den sitt namn efter Prof. Dr. Paraskev Stoyanov, som lade grunden till den första bulgariska kirurgiska skolan, samt ett barnsanatorium för tuberkulos i ben och leder, som var det enda i sitt slag på Balkanhalvön.

Medical University-Varna är en av de första medlemmarna i Black Sea Universities Network (BSUN). År 2004 godkändes universitetet i Nederländerna som fullvärdig medlem i European University Association (EUA). Det medicinska universitetet är det enda i Bulgarien som 2008 införde en modell från European Foundation for Quality Management (EFQM). MU-Varna upprätthåller partnerskap med över 80 universitet och utbildningsinstitutioner från 40 länder på 5 kontinenter. Från 2001 till 2007 har MU – Varna organiserat utbyte av studenter och lärare inom ramen för programmet Sokrates-Erasmus. Sedan 2010 har det i klinikerna i MU – Varna funnits ett studentutbyte för sommarpraktiker med First Moscow State Medical University ”I. M. Sechenov” och North-Western State Medical University ”I. I. Mechnikov ” i Sankt Petersburg.

Medical University – Varna är bland de första universiteten i Europa och lockar ett stort antal internationella studenter. Mer än 8 351 bulgariska studenter och 977 utländska studenter från 45 olika länder har tagit examen sedan starten. Med sin utveckling under åren har Medical University – Varna fyra sjukhus, grundade på 70- och 80-talen: Universitetssjukhuset ”St.Marina” – det största diagnostiska och rådgivande sjukhuset i regionen; Universitetssjukhuset ”St.Anna”; Specialiserat sjukhus för aktiv behandling inom obstetrik och gynekologi; Specialiserat sjukhus för aktiv behandling av ögonsjukdomar.

Universitetet förbereder specialister inom medicin och hälsovård, tandmedicin och farmaci för förvärv av kandidatexamen, magisterexamen, professionell kandidatexamen. De diplom som utfärdas av universitetet är erkända i alla länder i Europeiska unionen. Universitetet har filialer i städerna Shumen, Sliven och VelikoTarnovo.