Medicinska universitetet – Varna grundades 1961 i staden Varna. Det betraktades initialt som ett högre medicinskt institut och först 1995 bytte det namn till Medicinska universitetet-Varna efter ett beslut av nationalförsamlingen. År 2002 namngavs den efter professor Dr. Paraskev Stoyanov, som lade grunden till den första bulgariska kirurgiska skolan samt ett barnsanatorium för tuberkulos i ben och leder, som var det enda i sitt slag på Balkanhalvön.

Medical University-Varna är en av de första medlemmarna i Black Sea Universities Network (BSUN). År 2004 godkändes universitetet i Nederländerna som fullvärdig medlem i European University Association (EUA). Medicinska universitetet är det enda i Bulgarien som 2008 införde en modell från European Foundation for Quality Management (EFQM). MU-Varna upprätthåller partnerskap med över 80 universitet och utbildningsinstitutioner från 40 länder på 5 kontinenter. Från 2001 till 2007 organiserade MU – Varna utbyte av studenter och föreläsare inom programmet ”Socrates-Erasmus”. Sedan 2010 har det på de kliniska baserna vid MU – Varna hållits ett studentutbyte för sommarpraktiker med Första Moskva statliga medicinska universitetet ”I. M. Sechenov” och Nordvästra statliga medicinska universitetet ”I. I. Mechnikov” i Sankt Petersburg.

Medicinska universitetet – Varna är bland de första universiteten i Europa och lockar ett stort antal internationella studenter. Mer än 8 351 bulgariska studenter och 977 utländska studenter från 45 olika länder har tagit examen sedan grundandet. Med sin utveckling över åren har Medicinska universitetet – Varna fyra sjukhus, grundade på 70- och 80-talen: Universitetssjukhuset ”St. Marina” – det största diagnostiska och konsultativa sjukhuset i regionen; Universitetssjukhuset ”St. Anna”; Specialiserat sjukhus för aktiv behandling inom obstetrik och gynekologi; Specialiserat sjukhus för aktiv behandling av ögonsjukdomar.

Universitetet utbildar specialister inom medicin och hälsovård, tandmedicin och farmaci för att erhålla kandidat-, magister- och yrkeskandidatexamen. De diplom som utdelas av universitetet erkänns i alla länder inom Europeiska unionen. Universitetet har filialer i städerna Shumen, Sliven och VelikoTarnovo.