Медичний університет – Варна був заснований у 1961 році в місті Варна. Спочатку його вважали вищим медичним інститутом, і лише у 1995 році за рішенням Національних зборів його перейменували на Медичний університет-Варна. У 2002 році його назвали на честь професора. Доктор Параскєв Стоянов, який заклав основи Першої болгарської школи хірургії, а також дитячого морського санаторію для лікування туберкульозу кісток і суглобів, який був єдиним такого роду на Балканському півострові.

Медичний університет-Варна є одним із перших членів Мережі університетів Чорного моря (BSUN). У 2004 році в Нідерландах університет отримав статус повноправного члена Європейської асоціації університетів (EUA). Медичний університет є єдиним у Болгарії, який у 2008 році запровадив модель Європейського фонду управління якістю (EFQM). MU-Varna підтримує партнерства з понад 80 університетами та навчальними закладами з 40 країн на 5 континентах. З 2001 по 2007 рік MU – Варна організовував обмін студентами та викладачами в рамках програми «Сократ-Еразм». З 2010 року на клінічних базах МУ – Варна відбувається студентський обмін для літніх практик з Першим Московським державним медичним університетом імені І. М. Сеченова та Північно-Західним державним медичним університетом «І. І. Мечников» у Санкт-Петербурзі.

Медичний університет – Варна є одним із перших університетів Європи, що приваблює велику кількість іноземних студентів. З моменту заснування університету закінчили понад 8 351 болгарський студент і 977 іноземних студентів із 45 різних країн. Завдяки розвитку протягом багатьох років Медичний університет – Варна підтримує чотири лікарні, засновані у 70-х і 80-х роках: Університетська лікарня «Свята Марина» — найбільша діагностична та консультативна лікарня в регіоні; Університетська лікарня «Свята Анна»; Спеціалізована лікарня для активного лікування в акушерстві та гінекології; Спеціалізована лікарня для активного лікування очних захворювань.

Університет готує фахівців у галузях медицини та охорони здоров’я, стоматології та фармації для здобуття ступенів бакалавра, магістра та професійного бакалаврату. Дипломи, видані університетом, визнаються у всіх країнах Європейського Союзу. Університет має афілійовані заклади у містах Шумен, Сливен і Великотирново.